Strukturę organizacyjną Szpitala tworzą:
- zakłady lecznicze, będące zespołami składników majątkowych, za pomocą których GCM wykonuje określony rodzaj działalności leczniczej,
- jednostki organizacyjne, będące wyodrębnionymi w strukturze organizacyjnej GCM częściami zakładów leczniczych,
- komórki organizacyjne działalności leczniczej, będące wyodrębnionymi w strukturze organizacyjnej GCM częściami jednostek organizacyjnych albo częściami zakładów leczniczych działającymi poza jednostkami organizacyjnymi,
- komórki organizacyjne działalności nieleczniczej,
- samodzielne stanowiska pracy.
Jednostki organizacyjne, komórki organizacyjne i samodzielne stanowiska pracy zgrupowane są w piony organizacyjne.